Etter gjeninnføringen av sivilt styre i Nigeria i 1999 satte tidligere president Obasanjo i gang et betydelig reformarbeid i offentlig sektor, med makroøkonomisk stabilisering, konsolidering av banksektoren, nedbemanning, privatisering av statsbedrifter, investering i infrastruktur og antikorrupsjonsarbeid. I oktober 2005 ble det inngått en omfattende avtale om gjeldslette mellom Nigeria og de viktigste giverne, etter forhandlinger i Parisklubben. Dette medførte at det aller meste av Nigerias utenlandsgjeld ble sanert.
I forbindelse med et besøk fra statsminister Bondevik i 2000, ble det inngått en femårig intensjonsavtale mellom Nigeria og Norge. Avtalen rettet spesielt fokus mot olje- og miljøsektoren, men omtalte også industriutvikling, demokrati og godt styresett, og andre mulige samarbeidsområder. Avtalen ble fornyet i 2005 for 5 nye år.
Den første utbetalingen av bistand fra NORAD fant sted i 2001 og gikk til det nasjonale polio-bekjempelsesprogrammet. Nigerianske menneskerettighetsorganisasjoner mottok imidlertid støtte fra Det norske menneskerettighetsfond helt fra begynnelsen av 1990-tallet. Menneskerettighetsfondet forvalter midler fra en del norske internasjonale organisasjoner og fra Utenriksdepartementet. Nigeria er et av 7 prioriterte land innenfor Fondets arbeid.
I 2007 var den bilaterale norske bistanden til Nigeria på 8 millioner kroner. Dette gikk hovedsakelig til petroleumssamarbeid og prosjekter innenfor områdene styresett, menneskerettigheter og kvinners stilling. Norge yter også bistand til Nigeria gjennom multilaterale kanaler. Bl.a. støttes tiltak for jenters grunnutdanning.
Demokrati og menneskerettigheter Det ble i 2003 inngått avtale med UNDP i Nigeria om støtte til det nasjonale programmet for godt styresett som UNDP koordinerer. Programmet omfatter en rekke aktiviteter i forhold til godt styresett, blant annet åpenhet i forvaltningen, bekjempelse av korrupsjon, og forbygging av konflikter. Nigeria har 250 ulike religiøse og etniske grupper, og konfliktforebygging ses på som meget viktig.
Norge støttet derfor blant annet det nigerianske Institutt for fred og konfliktforebygging (IPCR) og Nigerias nasjonale menneskerettighetskommisjon (NHRC), via FNs utviklingsprogram, UNDP. Det gis dessuten norsk støtte til menneskerettighetsorganisasjoner som arbeider for kvinner som rammes av sharialovgivningen i 12 av landets nordlige delstater, til arbeid for generell bedring av kvinners stilling, og for kvinners deltakelse i politikk og samfunnsliv.
Institusjons- og industriutvikling Både Norge og Nigeria er oljeprodusenter og oljeeksportører, og Nigeria er svært interessert i norsk kunnskap og kompetanse på feltet. Fra 2001 har norske myndigheter støttet en rekke kurs og seminarer om ulike aspekter ved oljeproduksjon, blant annet om drift av marginale oljefelt, forebygging av forurensning, oppbygging av ressursdatabaser og andre opplæringstiltak innen petroleumssektoren. Det er også gitt støtte til noen prosjekter innen næringsutvikling.
Barne- og mødrehelse Den norske bistanden til Nigeria vil i perioden 2008-2013 øke betydelig som følge av norsk støtte til tiltak for å forbedre helsetilbudet til barn og mødre i Nord-Nigeria. Dette er en del av regjeringen Stoltenberg IIs innsats for å bidra til at FNs tusenårsmål på dette området kan nås. Tilsvarende samarbeid er innledet med India og Pakistan. Det er planlagt å bruke til sammen 250 millioner kroner over fem år, frå 2008 til 2012, til dette formålet.
Olje for utvikling/petroleumssamarbeid I 2003 ble det inngått et samarbeid mellom Oljedirektoratet og det nigerianske Department of Petroleum Resources på grunnlag av intensjonsavtalen fra 2000. Samarbeidet finansieres med norske bistandsmidler. Det gis støtte til prosjekter innen metodikk og regelverk for lisensiering og oppfølging av petroleumsvirksomheten; opprettelse av et datasenter og system for lagring av geologiske og geofysiske data; utnyttelse og overvåking av naturgassproduksjon; evaluering og overvåking av oppstrømsaktivitet; helse, sikkerhet og miljø; og om reformer i DPR. Petrad har gjennomført en rekke kurs innen oljeteknologi og –forvaltning for nigerianere, og INTSOK har i flere år holdt konferanser i Lagos om blant annet dypvannsteknologi.
En studie i regi av INTSOK med sikte på å få kartlagt hvordan nigerianske selskaper kan få større leveranser til oljesektoren, er også støttet med norske bistandsmidler. I 2006 startet et oppfølgingsprosjekt som skal bidra med sertifisering av nigerianske bedrifter for oppdrag i landets petroleumssektor. Som nevnt vurderes et betydelig utvidet norsk-nigeriansk samarbeid på bakgrunn av Regjeringens Olje for utvikling-program, men da med større vekt på inntektsforvaltning og miljøforvaltning enn petroleumssamarbeidet hittil. En felles uttalelse om et slikt utvidet samarbeid ble vedtatt da statssekretær Liv Monica Stubholt fra OED møtte sin nigerianske motpart, Odein Ajumogobia, i et MoU-møte i Abuja 29. oktober 2007.