Det er ingen statsminister, og regjeringen utnevnes av presidenten. Sittende president, Thomas Boni Yayi, et tidligere ubeskrevet politisk blad, vant andre runde av presidentvalget i mars 2006 med 74,6% av stemmene. Han stilte som presidentkandidat uten partitilknytning. De andre kandidatene tapte trolig hovedsakelig fordi de ble identifisert med det upopulære og korrupte regimet til avtroppende president Mathieu Kérékou, som hadde vært militærdiktator fra 1972 til 1991 og sivil president fra 1996.
Det var valg til parlamentet 31. mars 2007, og presidentens nystiftede parti FCBE (Force cauris pour le Bénin émergant) fikk da om lag 35 av 83 mandat, med 25 prosent av stemmene. I løpet av april inngikk Yayi/FCBE en samarbeidsavtale med en rekke mindre partier, noe som gav ham flertall i parlamentet. 17. juni utnevnte presidenten så en ny regjering bestående for det meste av teknokrater. Benin planlegger presidentvalg i mars 2011.